L’association « AUPELF  », devenue AUPELF-UREF et ensuite AUF, est née en septembre 1961 sous l’impulsion du québécois Jean-Marc Léger, qui en fut le premier secrétaire général, et du Recteur de l’Université de Montréal, Monseigneur Irénée Lussier. Il faut également retenir le rôle déterminant du Recteur des universités du Maroc, Mohammed El Fasi, élu lors de l’Assemblée générale qui s’est tenue àLiège, en avril 1996. On lui doit, en particulier, le nom de l’Association « partiellement ou entièrement de langue française  » ainsi que, déjà, l’intérêt pour le dialogue des cultures francophones. Son nom est également étroitement associé àun prix scientifique remis chaque année par l’Agence universitaire et récompensant de jeunes chercheurs.

Forte du soutien de ses membres, l’institution se bâtit peu àpeu. En 1965, àParis, est ouvert le premier bureau régional de l’Agence, le Bureau Europe de l’Ouest, tandis que le second bureau, celui d’Afrique de l’Ouest, ouvrira ses portes àDakar en 1975.

Le Fonds international de coopération universitaire, probablement mieux connu sous son acronyme FICU, voit le jour en 1967. Il est créé afin d’attirer les financements nécessaires, tant des États et gouvernements que des entreprises privées, pour réaliser des opérations de coopération entre les universités francophones. Il vivra jusqu’en 2001, date de son intégration au nouveau Fonds commun de développement et de coopération universitaire.

En 1972, lors de l’Assemblée générale de l’AUPELF qui se tient àl’Université de Genève, Robert Mallet, qui était alors Recteur de l’académie et Chancelier des universités de Paris, devient le premier français àaccéder àla présidence de l’institution universitaire.

Cette période coïncide également avec la mise en place d’un programme destiné àdévelopper la collaboration entre les départements d’études françaises dans le monde et établir des liens permanents entre ces départements et les universités membres de l’AUPELF afin d’encourager, par le moyen de la langue française, un dialogue permanent des cultures. Leur première rencontre, qui s’est tenue àQuébec, a réuni plus de 200 participants issus de 53 pays.

Suit alors une période de « consolidation  » qui s’étale approximativement de 1978 à1984. Cette phase voit la poursuite et le développement du travail en réseaux, la mise en place des premiers réseaux institutionnels (CIDMEF et AEEVTPLF). Ces réseaux sont aujourd’hui devenus des maillons forts de l’Agence puisqu’ils désignent une partie des Conseils associatif et scientifique.

Les 14 années qui suivent, soit de 1984 à1998, coïncident avec une phase de forte expansion de l’AUF. Plusieurs bureaux régionaux sont créés (Amérique du Nord, Caraïbe, Océan indien, Monde arabe, Asie du Sud-Est, Europe centrale et orientale, Afrique centrale et Afrique des Grands Lacs). L’UREF est lancée en 1987 et l’AUPELF devient l’AUPELF-UREF en même temps qu’opérateur direct du Sommet de la Francophonie lors du Sommet de Dakar en 1989. Cette période est aussi celle de l’ouverture de quatre Instituts de la Francophonie. L’année 1998 verra se tenir àBeyrouth une Assemblée générale qui réunira plus de 400 institutions membres.

Afin de répondre àla demande du Plan d’action de Moncton, l’Agence universitaire de la Francophonie a engagé, en 1999, une réforme dans trois domaines : la modification de ses statuts, la réorganisation administrative et la réforme de ses programmes.

La politique conduite pour préparer ces réformes a été marquée par deux principes : la confirmation de l’identité universitaire de l’AUF et le dialogue avec tous ses partenaires. En mai 2001, lors de son Assemblée générale, l’Agence a complété les réformes entreprises par son recteur depuis décembre 1999 en adoptant de nouveaux statuts qui ont confirmé sa nature associative, ont redéfini ses missions et ont consacré sa vocation àêtre l’opérateur de la Francophonie pour l’enseignement supérieur et la recherche.